आणविक मॉडलिंग वैज्ञानिकों को अणुओं को देखने के लिए कंप्यूटर का उपयोग करने की अनुमति देती है, जिसका अर्थ है आणविक संरचनाओं को संख्यात्मक रूप से प्रस्तुत करना और क्वांटम और शास्त्रीय भौतिकी के समीकरणों के साथ उनके व्यवहार का अनुकरण करना।
आणविक मॉडलिंग का लक्ष्य सिस्टम का पर्याप्त सटीक मॉडल विकसित करना है ताकि भौतिक प्रयोग आवश्यक न हो।
पिछले दशकों में 3आयामी डेटाबेस को देखने के लिए एक उपकरण से आणविक मॉडलिंग का विस्तार किया गया है ।