एंडोक्राइन सर्जरी से तात्पर्य एक या अधिक अंतःस्रावी ग्रंथियों पर ऑपरेशन से है। ये ग्रंथियां रक्तप्रवाह में हार्मोन का स्राव करती हैं और शरीर की लगभग सभी कोशिकाओं के कार्यों पर महत्वपूर्ण प्रभाव डालती हैं। कई अन्य अंतःस्रावी ग्रंथियाँ हैं और इनका इलाज विभिन्न सर्जनों द्वारा किया जाता है। उनमें मस्तिष्क में पिट्यूटरी ग्रंथि शामिल है, जो विभिन्न उत्तेजक हार्मोनों का स्राव करती है और जिसका इलाज न्यूरोसर्जन द्वारा किया जाता है, और अंडाशय, जो सेक्स हार्मोन का स्राव करती है और जिसका इलाज स्त्री रोग विशेषज्ञों द्वारा किया जाता है।
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