परिपक्व शरीर में प्रत्येक अंग के लिए, विशिष्ट स्टेम कोशिकाएँ होती हैं जो उस अंग में सभी विभिन्न प्रकार की कोशिकाएँ बना सकती हैं। उदाहरण के लिए, रक्त प्रणाली में, हेमेटोपोएटिक (रक्त बनाने वाली) स्टेम कोशिकाएं (एचएससी) विभिन्न प्रकार की रक्त कोशिकाओं जैसे लाल रक्त कोशिकाओं (आरबीसी), सफेद रक्त कोशिकाओं (डब्ल्यूबीसी) और प्लेटलेट्स को जन्म देती हैं। परंपरागत रूप से, एचएससी अस्थि मज्जा से प्राप्त किए जाते थे। इस प्रक्रिया को "अस्थि मज्जा प्रत्यारोपण" कहा जाता था। हालाँकि, नई विधियाँ अब परिधीय रक्त, या जन्म के समय नाल से लिए गए रक्त (कॉर्ड ब्लड) से एचएससी प्राप्त करती हैं। गर्भनाल रक्त, विशेष रूप से, प्रतिरक्षा और रक्त प्रणालियों के लिए एचएससी का एक उत्कृष्ट वैकल्पिक स्रोत प्रदान करता है। एक व्यक्ति से एचएससी लेने और उन्हें दूसरे में स्थानांतरित करने की प्रक्रिया को हेमेटोपोएटिक स्टेम सेल प्रत्यारोपण या एचएससीटी कहा जाता है। किसी ठोस अंग (जैसे किडनी या लीवर) के प्रत्यारोपण के विपरीत, एचएससीटी में सर्जरी शामिल नहीं होती है। यह रक्त आधान के समान है। लेकिन केवल रक्त के बजाय, चढ़ाए गए तरल पदार्थ में एचएससी होता है। प्राथमिक इम्युनोडेफिशिएंसी बीमारियाँ जिनके लिए एचएससीटी सबसे अधिक किया जाता है उनमें गंभीर संयुक्त प्रतिरक्षा कमी (एससीआईडी), विस्कॉट-एल्ड्रिच सिंड्रोम (डब्ल्यूएएस), आईपीईएक्स सिंड्रोम, हेमोफैगोसाइटिक लिम्फोहिस्टियोसाइटोसिस (एचएलएच) और एक्स-लिंक्ड लिम्फोप्रोलिफेरेटिव रोग (एक्सएलपी) शामिल हैं। इसका उपयोग क्रोनिक ग्रैनुलोमेटस डिजीज (सीजीडी) और कई अन्य गंभीर प्राथमिक इम्यूनोडेफिशिएंसी रोगों के उपचार में भी किया जा सकता है। एक "सामान्य" व्यक्ति से प्राथमिक इम्युनोडेफिशिएंसी बीमारी वाले व्यक्ति में एचएससी के प्रत्यारोपण में रोगी की कमजोर प्रतिरक्षा प्रणाली को सामान्य प्रतिरक्षा प्रणाली से बदलने की क्षमता होती है और, जिससे इलाज प्रभावित होता है।