जन्मजात प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाएँ वे होती हैं जो उन कोशिकाओं पर निर्भर होती हैं जिन्हें अपना काम करने के लिए किसी अतिरिक्त प्रशिक्षण की आवश्यकता नहीं होती है। इन कोशिकाओं में न्यूट्रोफिल, मोनोसाइट्स, प्राकृतिक हत्यारा कोशिकाएं, बेसोफिल और मस्तूल कोशिकाएं और पूरक प्रोटीन शामिल हैं। संक्रमण के प्रति जन्मजात प्रतिक्रियाएँ तेजी से और विश्वसनीय रूप से होती हैं। यहां तक कि छोटे शिशुओं में भी उत्कृष्ट जन्मजात प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाएं होती हैं। जब ये सभी कोशिकाएं अपना काम करने में असमर्थ हो जाती हैं और व्यक्ति के लिए आवश्यक प्रतिरक्षा उत्पन्न करने में सक्षम नहीं होती हैं तो जन्मजात प्रतिरक्षा विकार उत्पन्न होता है।