पशु चिकित्सा सूक्ष्म जीव विज्ञान पशुओं में विभिन्न माइक्रोबियल (जीवाणु, कवक, वायरल) रोगों से संबंधित है, विशेष रूप से जो भोजन, अन्य उपयोगी उत्पाद या साहचर्य प्रदान करते हैं। पशु सूक्ष्म जीव विज्ञान के विभिन्न अध्ययनों में रोगाणुरोधी प्रतिरोध के अध्ययन भी शामिल हैं। यदि संक्रमण मनुष्यों (ज़ूनोसिस) और घरेलू पशुओं के साथ उनके अंतर्संबंध के कारण विशेष रुचि का है, तो पशु सूक्ष्म जीव विज्ञान में जंगली जानवरों के सूक्ष्मजीव रोगों का भी अध्ययन किया जाता है। पशु चिकित्सा सूक्ष्म जीवविज्ञानी सूक्ष्मजीवों के अध्ययन में विशेषज्ञता वाले चिकित्सक हैं जो पशु प्रजातियों में संक्रामक रोग का कारण बनते हैं। वे अक्सर टीकों, दवाओं और अन्य पशु स्वास्थ्य उत्पादों के विकास में शामिल होते हैं। पशु चिकित्सा सूक्ष्म जीवविज्ञानी वायरस, बैक्टीरिया और परजीवियों सहित विभिन्न प्रकार के रोग पैदा करने वाले सूक्ष्मजीवों का अध्ययन करने के लिए जिम्मेदार हैं। वे शोध अध्ययन करते हैं और परिणामों को सहकर्मी-समीक्षित पत्रिकाओं में प्रकाशित करते हैं।