प्राकृतिक पर्यावरण के अध्ययन को पर्यावरण जैव प्रौद्योगिकी के रूप में जाना जाता है। दूषित वातावरण के निवारण और पर्यावरण-अनुकूल प्रक्रियाओं के लिए जैविक प्रणालियों के विकास, उपयोग और विनियमन को इंटरनेशनल सोसाइटी फॉर एनवायर्नमेंटल बायोटेक्नोलॉजी के अनुसार पर्यावरण जैव प्रौद्योगिकी के रूप में भी जाना जाता है। प्रकृति के इष्टतम उपयोग को पर्यावरणीय जैव प्रौद्योगिकी कहा जाता है। पर्यावरण जैव प्रौद्योगिकी, जैव प्रौद्योगिकी का एक उप-विषय, प्राकृतिक पर्यावरण का अध्ययन करने के लिए उपयोग की जाने वाली जैव प्रौद्योगिकी का अनुप्रयोग है। यह अपशिष्ट जल के उपचार और प्रदूषण को रोकने में उपयोगी है। पर्यावरणीय जैव प्रौद्योगिकी पारंपरिक तरीकों की तुलना में कचरे को साफ करने में अधिक कुशल है। बायोरेमेडिएशन पर्यावरण को साफ करने के लिए पर्यावरण इंजीनियरों द्वारा नियोजित सबसे व्यापक अनुप्रयोग है। वे या तो अपशिष्ट स्थल पर मिट्टी में पोषक तत्व जोड़ते हैं जो बैक्टीरिया की गतिविधि को उत्तेजित करते हैं या मिट्टी में नए बैक्टीरिया जोड़ते हैं जो अपशिष्ट को पचाते हैं और साइट को साफ करते हैं। बायोरेमेडिएशन पर्यावरण जैव प्रौद्योगिकी का एक दिलचस्प क्षेत्र है; इसके अनुप्रयोग विशाल और विश्वसनीय हैं।