एप्लाइड बायोइनफॉरमैटिक्स और कम्प्यूटेशनल जीवविज्ञान जर्नल

अनुक्रम विश्लेषण

अनुक्रम विश्लेषण जैविक अनुसंधान का एक क्षेत्र है जिसमें विशिष्ट जीवन रूपों के जीनोमिक तत्वों को देखा जाता है। अनुक्रम विश्लेषण में अनुक्रम संरेखण, डीएनए समूहन और अन्य जीनोमिक संरचनात्मक स्थलचिह्न शामिल हो सकते हैं। मैन्युअल अनुक्रमण में, प्रतिक्रिया चार अद्वितीय ट्यूबों में होती है, जिनमें से प्रत्येक में एक वैकल्पिक ddNTP होता है। तदनुसार, जिस ट्यूब में ddATP है, उसमें ऐसे खंड होंगे जो एडेनोसिन (ए) पर समाप्त होते हैं, डीडीजीटीपी वाली ट्यूब में ऐसे टुकड़े होंगे जो ग्वानिन (जी) वगैरह पर समाप्त होते हैं।

चार ट्यूबों से वस्तुएं एक जेल के समानांतर पथ में चलती रहती हैं। दाईं ओर का चित्र मैन्युअल अनुक्रमण के परिणामों को दर्शाता है। डीएनए अनुक्रमण के परिणामों की कल्पना इस तथ्य से की जा सकती है कि प्रारंभिक को रेडियोधर्मी चिह्न के साथ लेबल किया गया है। जब एक्स-बीम फिल्म का एक टुकड़ा प्रस्तुत किया गया, तो रेडियोधर्मिता ने फिल्म को एक सुस्त बैंड के रूप में प्रदर्शित किया। इसके बाद वैज्ञानिक या विशेषज्ञ द्वारा फिल्म से उत्तराधिकार का अवलोकन किया जाता है। उत्तराधिकार के परिणाम एक जेल पर चार समानांतर पथों में रखे गए हैं। इस चित्रण में, पहले पथ में ddCTP युक्त प्रतिक्रिया के आइटम शामिल हैं।

इस तरीके से उस पथ में दिखाई देने वाला प्रत्येक बैंड एक अनुक्रमण आइटम से बात करता है जो सी पर समाप्त होता है। जेल आकार को ध्यान में रखते हुए अनुक्रमण आइटम को अलग करता है; अधिक टुकड़ों की तुलना में छोटे हिस्से जेल में तेजी से प्रवेश करते हैं। आधार (सबसे छोटा) से लेकर हरा (सबसे बड़ा) तक एक स्तर के उत्तराधिकार में चार पथों का एक साथ अध्ययन किया जाता है। नीली रेखा इस अनुरोध का अनुसरण करती है कि समूहों का अवलोकन किया जाता है और अनुभाग का उत्तराधिकार पक्ष में प्रदर्शित किया जाता है। यंत्रीकृत अनुक्रमण में प्रतिक्रिया मूल रूप से मैन्युअल अनुक्रमण के समान ही होती है।

दो प्राथमिक विरोधाभास हैं: अंकन और अवलोकन। कम्प्यूटरीकृत अनुक्रमण में, वस्तुओं को रेडियोधर्मी नाम के बजाय फ्लोरोसेंट रंग से चिह्नित किया जाता है। चार फ्लोरोसेंट रंग हैं, प्रत्येक की तुलना एक वैकल्पिक ddNTP से की जाती है; ddATP हरा है, ddTTP लाल है, ddCTP नीला है, और ddGTP पीला है। इस तरह से प्रत्येक अनुभाग के अंत में एक वैकल्पिक छायांकन होता है जो अंतिम न्यूक्लियोटाइड (डीडीएनटीपी) पर निर्भर करता है। यह अनुक्रमण के परिणामों को जेल के एकान्त पथ पर कुछ हद तक चार समानांतर पथों में चलाने की अनुमति देता है।