उप-विशिष्टताओं के साथ-साथ रोग के रूपात्मक पहलुओं का अध्ययन, जिन्हें विशिष्ट अंग प्रणाली, विभिन्न प्रयोगशाला विधियों और कुछ नैदानिक मामलों की ओर संरेखित किया जा सकता है। जठरांत्र विकृति विज्ञान; स्त्रीरोग संबंधी विकृति विज्ञान; हृदय रोगविज्ञान; त्वचा रोगविज्ञान; श्वसन रोगविज्ञान; मस्कुलोस्केलेटल पैथोलॉजी; गुर्दे की विकृति, जीनिटो-मूत्र विकृति; अंतःस्रावी विकृति विज्ञान; नेत्र रोगविज्ञान; ईएनटी विकृति विज्ञान; और न्यूरोपैथोलॉजी विशिष्ट अंग प्रणालियाँ हैं जिनका अध्ययन शारीरिक विकृति विज्ञान में किया जाता है।