जीन क्लोनिंग वह प्रक्रिया है जिसमें किसी जीव से निकाले गए डीएनए से रुचि के जीन का पता लगाया जाता है और उसकी नकल (क्लोन) बनाई जाती है। जब किसी जीव से डीएनए निकाला जाता है, तो उसके सभी जीन एक ही समय में निकाले जाते हैं। यह डीएनए, जिसमें हजारों अलग-अलग जीन होते हैं।
जीन क्लोनिंग एक जीन की कई प्रतियां बनाना है, जिसके द्वारा हम व्यक्तिगत जीन की शुद्ध प्रतिलिपि बना सकते हैं। इन क्लोनिंग का उपयोग बायोमेडिकल और औद्योगिक अनुसंधान के कई क्षेत्रों में किया गया है। प्रोटीन उत्पाद के उत्पादन या परिवर्तन के लिए जीन अनुक्रम में परिवर्तन या नए जीव में जीन की क्लोनिंग आनुवंशिक इंजीनियरिंग की मुख्य डोमेन प्रक्रिया है।