मार्कर-असिस्टेड तकनीक, जिसे मार्कर-असिस्टेड ब्रीडिंग (एमएबी) भी कहा जाता है, वांछित लक्षण से जुड़े आनुवंशिक मार्करों का उपयोग करके इस समस्या से बचती है। एक बार जब वे आनुवंशिक अनुक्रम की पहचान करने में सक्षम हो जाते हैं जो हमेशा रोग प्रतिरोधक क्षमता से जुड़ा होता है तो वे ऐसा कर सकते हैं। फेनोटाइपिक चयन की तुलना में एमएएस अधिक कुशल, प्रभावी और विश्वसनीय हो सकता है। इसके अलावा, एमएएस किस्मों के विकास के समय को काफी कम कर सकता है, इसलिए कुछ मामलों में यह फेनोटाइप के आधार पर चयन की तुलना में अधिक लागत प्रभावी होगा। एमएएस जटिल लक्षणों के प्रजनन की भी अनुमति देता है जो पिछले पारंपरिक तरीकों से संभव नहीं है। यद्यपि निश्चित रूप से सभी समस्याओं के लिए आशाजनक उपाय नहीं है, एमएएस पारंपरिक पौधों के प्रजनन के लिए एक आशाजनक दृष्टिकोण है