यह पुनः संयोजक डीएनए तकनीकों द्वारा मूल्यवान प्रोटीन के डिजाइन और निर्माण के अध्ययन का विशेष समूह है जो विशेष प्रोटीन के कार्य को समझने और नए डिजाइन सिद्धांतों को पहचानने में मदद करता है। प्रोटीन इंजीनियरिंग इनविट्रो प्रोटीन के निर्माण में कुछ विभिन्न तकनीकों जैसे कि तर्कसंगत डिजाइन, एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी, फ्लो साइटोमेट्री / सेल सॉर्टिंग, ट्रेसलेस स्टुडिंगर लिगेशन, फेज डिस्प्ले तकनीक और एनएमआर स्पेक्ट्रोस्कोपी। प्रोटीन इंजीनियरिंग में खाद्य उद्योग के लिए बायोकैटलिसिस से लेकर पर्यावरण, चिकित्सा और नैनो जैव प्रौद्योगिकी अनुप्रयोगों तक बहुत सारे अनुप्रयोग हैं