यह प्रोटिओमिक्स का उप-अनुशासन है जिसमें बायोमार्कर जैसे नैदानिक पहलुओं में प्रोटीन प्रौद्योगिकियों का उपयोग शामिल है ताकि यह देखा जा सके कि शरीर चिकित्सीय भविष्यवाणी पर कैसे प्रतिक्रिया करता है। क्लिनिकल प्रोटिओमिक्स में सामान्य प्रोटीन संशोधन से लेकर ट्रांसलेशनल प्रोटिओमिक्स तक सभी संबंधित चीजें शामिल हैं। क्लिनिकल प्रोटिओमिक्स रोग पैदा करने वाले जीन की पहचान करने और बेहतर नैदानिक और रोगसूचक परीक्षण विकसित करने की क्षमता को समझने, संभावित नए चिकित्सीय लक्ष्यों की पहचान करने और व्यक्तिगत रोगी चिकित्सा की ओर बढ़ने के लिए एक शक्तिशाली उपकरण भी हो सकता है।