आणविक विकास जीवों की आबादी में आनुवंशिक सामग्री के अनुक्रम संरचना में परिवर्तन की प्रक्रिया है। आनुवंशिक सामग्री में पीढ़ियों से डीएनए, आरएनए और प्रोटीन होते हैं। डीएनए प्रौद्योगिकी में क्रांति एक बड़ी प्रगति रही है क्योंकि डीएनए की प्रकृति ही इसे एक विकासवादी इतिहास दस्तावेज़ के रूप में उपयोग करने की अनुमति देती है, विभिन्न जीवों के बीच विभिन्न जीनों के डीएनए अनुक्रमों में तुलना हमें जीवों के संबंधों के बारे में बता सकती है जो कि नहीं हो सकते हैं आकृति विज्ञान से सही अनुमान लगाया गया। एक निश्चित समस्या यह है कि डीएनए स्वयं इतिहास का एक बिखरा हुआ और खंडित दस्तावेज है और हमें जीनोम में परिवर्तनों के प्रभावों से सावधान रहना होगा जो जीव विकास की हमारी तस्वीर को विकृत कर सकते हैं।