पौधे प्रणाली के साथ उपयोगी जीवाणुओं का उपनिवेशीकरण और जुड़ाव पौधे को स्वास्थ्य विकास प्रदान करता है। ये बैक्टीरियल फ्लोरा प्रेरित प्रतिरोध प्रदान करते हैं, नाइट्रोजन स्थिरीकरण, पौधों की वृद्धि (फाइटोहोर्मोन) में सुधार करते हैं और पौधों के हानिकारक रोगजनकों और परजीवियों के विरोधी मेटाबोलाइट्स के संश्लेषण की सुविधा प्रदान करते हैं। पादप जीवाणु और कवक अंतःक्रियाएं जैव प्रौद्योगिकी प्रक्रियाओं और जैव-भू-रासायनिक चक्रों में एक अद्वितीय योगदान प्रदान करती हैं।