मृदा सूक्ष्मजीव जो पौधों, मनुष्यों और जानवरों में रोग पैदा करते हैं, मृदा रोगज़नक़ कहलाते हैं। आक्रामक मृदा रोगज़नक़ उपयोगी मृदा सूक्ष्मजीव समुदायों को प्रभावित करते हैं और पौधों की वृद्धि और प्रदर्शन को सीमित करते हैं। सूक्ष्मजीवों के तीन महत्वपूर्ण समूहों का पारिस्थितिकी तंत्र की संरचना और कार्यप्रणाली पर सबसे मजबूत प्रभाव पड़ता है, वे हैं मृदा रोगजनक (कवक, बैक्टीरिया और वायरस), मृदा रोगजनक परजीवी (नेमाटोड), पारस्परिक सहजीवन और डीकंपोजर।