मृदा जैव प्रौद्योगिकी को मिट्टी के संरक्षण और उपचार के लिए मिट्टी के सूक्ष्मजीव वनस्पतियों और उनकी चयापचय गतिविधियों में हेरफेर के अध्ययन के रूप में परिभाषित किया गया है। यह जैव प्रौद्योगिकी का उभरता हुआ क्षेत्र है जिसमें मिट्टी के भौतिक गुणों में सुधार, पौधों के लिए पोषक तत्वों की उपलब्धता, ज़ेनोबायोटिक और अन्य अपशिष्टों का क्षरण, मिट्टी से पैदा होने वाले पौधों के रोगजनकों को नियंत्रित करने, पौधों के स्वास्थ्य को बढ़ाने में मिट्टी के सूक्ष्मजीवों के उपयोग पर प्रमुख ध्यान दिया जाता है। और प्राकृतिक पारिस्थितिकी तंत्र की रक्षा करना। पौधों के कीटों के जैविक नियंत्रण के लिए नए माइक्रोबियल एजेंटों की पहचान और विकास, कम विषाक्तता के लिए पौधों के रोगजनकों में संशोधन और मिट्टी का बायोरेमेडिएशन बायोटेक उद्योगों का क्रांतिकारी पहलू है।