ज़ेनोबायोटिक (मानव निर्मित) औद्योगिक, कृषि रसायनों और अन्य अनुचित अपशिष्ट निपटान के कारण मृदा प्रदूषण मिट्टी के लिए एक बड़ा खतरा है, जिससे मिट्टी के प्राकृतिक तंत्र और पर्यावरण में परिवर्तन होता है। इन प्रदूषकों का आधा जीवन लंबा होता है, जो आमतौर पर पौधों की चयापचय गतिविधियों में शामिल मिट्टी के माइक्रोबायोटा को बदल देते हैं।