पौधे और कवक समुदायों के बीच सकारात्मक पारस्परिक संबंध मेजबान पौधों के विकास और रोगज़नक़ प्रतिरोध को बढ़ाने के लिए आवश्यक है। विभिन्न प्रकार के माइकोराइजल कवक में रिपोर्ट किए गए प्रमुख संभावित माइकोराइजल संघ हैं अर्बुस्कुलर माइकोराइजा, एक्टोमाइकोराइजा, एरिकॉइड माइकोराइजा और ऑर्किड माइकोराइजा पौधे और मिट्टी के पारिस्थितिकी तंत्र की गतिशीलता में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। जड़ों का पायरोसेक्वेंसिंग विश्लेषण जड़ से जुड़े कवक समुदायों की जांच के लिए उपयोग की जाने वाली उन्नत तकनीकों में से एक है।