क्लिनिकल फार्माकोलॉजी चरण I और II ए-परिभाषित प्रारंभिक सुरक्षा, सहनशीलता, कैनेटीक्स, चयापचय और रोगियों में जैविक प्रभाव के साथ-साथ दवा की प्रभावकारिता के अल्पकालिक मूल्यांकन के लिए नई पद्धतियां विकसित करने के लिए जिम्मेदार है। कुछ कंपनियाँ क्लिनिकल फार्माकोकाइनेटिक्स को क्लिनिकल फार्माकोलॉजी में भी शामिल करती हैं। क्लिनिकल फार्माकोलॉजी के लिए नई रासायनिक संस्थाओं (एनसीई) के सभी चरण II और III के पूर्ण चिकित्सीय मूल्यांकन के लिए जिम्मेदार होना दुर्लभ है।
लेकिन यह क्लिनिकल फार्माकोलॉजिस्टों के लिए जिम्मेदारी छोड़ने का बहाना नहीं होना चाहिए। प्रोफेसर ब्रेकेनरिज क्लिनिकल फार्माकोलॉजी के आलोचकों की ओर इशारा करते हैं जो कहते हैं कि इसे क्लिनिकल मेडिसिन से अलग नहीं किया जा सकता है। यही आलोचना औद्योगिक नैदानिक औषध विज्ञान पर भी की जा सकती है। एक बड़ी फार्मास्युटिकल कंपनी के एक विभाग के पास सभी खोजपूर्ण चिकित्सीय कार्यक्रमों को कवर करने के लिए आवश्यक विशेषज्ञता कैसे हो सकती है?
क्लिनिकल फार्माकोलॉजी की एक अन्य भूमिका प्री-क्लिनिकल वैज्ञानिक विभागों के साथ इसका विशेष कामकाजी संबंध है, जो अकादमिक विभागों में फार्माकोलॉजी और क्लिनिकल फार्माकोलॉजी के समामेलन के समान है। कंपनी के अनुसंधान पक्ष में क्लिनिकल फार्माकोलॉजी रिपोर्ट शामिल करके इसे मजबूत किया जा सकता है, लेकिन संतुलन की दृष्टि से इसे क्लिनिकल फ़ंक्शन के भीतर बनाए रखना सबसे अच्छा है, क्योंकि इसकी कई जिम्मेदारियां जैव-समतुल्यता, लाइन एक्सटेंशन, संयोजन उत्पादों और दवा इंटरैक्शन से संबंधित हैं। उद्योग में क्लिनिकल फार्माकोलॉजी का अनुसंधान और विकास दोनों क्षेत्रों में दबदबा है। यह जानवरों से मनुष्य तक एक पुल के रूप में कार्य करता है, यह तय करता है कि एक नई रासायनिक इकाई में जैविक प्रभाव और चिकित्सीय क्षमता है या नहीं, लेकिन वैश्विक पंजीकरण के लिए एक यौगिक के पूर्ण विकास के लिए आवश्यक दवा विकास के बाद के चरणों में भी गहराई से शामिल रहता है।