एक जीवित जीव के अंदर होने वाली रासायनिक प्रतिक्रियाओं का एक जीनोम-स्केल चयापचय नेटवर्क मुख्य रूप से उसके जीनोम में मौजूद जानकारी से पुनर्निर्माण किया जाता है और इसमें जीनोम के कार्यात्मक एनोटेशन, संबंधित प्रतिक्रियाओं की पहचान और उनके स्टोइकोमेट्री के निर्धारण जैसे चरण शामिल होते हैं। स्थानीयकरण का असाइनमेंट, बायोमास संरचना का निर्धारण, ऊर्जा आवश्यकताओं का अनुमान, और मॉडल बाधाओं की परिभाषा। इस जानकारी को चयापचय के स्टोइकोमेट्रिक मॉडल में एकीकृत किया जा सकता है जिसका उपयोग बाधा-आधारित मॉडलिंग दृष्टिकोण का उपयोग करके जीव की चयापचय क्षमता के विस्तृत विश्लेषण के लिए किया जा सकता है और इसलिए यह इसकी चयापचय क्षमताओं को समझने के लिए मूल्यवान है।