इम्यूनोजेनोमिक्स जटिल या पॉलीजेनिक रोगों (ऑटोइम्यून या संक्रामक रोग) के प्रति संवेदनशीलता के आनुवंशिक आधार और परिवर्तनशील प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के लिए जिम्मेदार आनुवंशिक कारक की पहचान पर आधारित विश्लेषण है। उदाहरण के लिए एमएचसी, गैर-एमएचसी और केमोकाइन्स का अनुमानित प्रभाव।